بود و حتى در تمام مناطق تركستان يك مدرسه علوم دينى براى فراگيرى فقه شيعه وجود نداشت . اگر درس و بحث هم وجود داشت ، در منازل و مساجد به‌طور مخفى بود و مردم جرأت آن را نداشتند كه در شهر مدرسهء دينى تأسيس كنند . علما با اين شرايط ناگوار توانستند چراغ دين و مذهب را روشن نگه دارند . در بسيارى از مناطق عالم و روحانى كم بود و يا اصلا وجود نداشت و به سبب مجاورت شيعيان با مناطق اهل سنّت ، علما و مردم در تقيه زندگى مىكردند ؛ حتى مردم به كتب و منابع دينى مذهبى و يا روحانيت تحصيل كرده دسترسى نداشتند و آزادى هم وجود نداشت . حضرت آية اللّه سيّد حسين عالم در چنين شرايطى به سال 1275 ش به وطن بازگشت . وى در ابتدا در روستاى وشت سكونت گزيد و در آنجا حوزهء علميّه تأسيس كرد و مشغول تدريس شد . انتشار خبر بازگشت آن مرد بزرگ در همه جا منتشر شد . عدّه‌اى از علما از بخشهاى مختلف باميان به بلخاب سرازير شدند ؛ از جملهء آنها سيّد على حسين يكه‌ولنگى بود كه حوزهء علميّه وشت را فعّال كرد . عده‌اى از حسودان به حكومت محلّى بلخاب گزارش دادند كه آية اللّه سيد حسين عالم از ايران آمده مردم را از دين خارج مىسازد و به احكام و مسايل دينى اهل سنّت بد مىگويد و در سخنرانيهايش از حكومت انتقاد مىنمايد و نماز تراويح را در ماه مبارك رمضان نمىخواند ، نكاح و عقد مردم را بدون خطبه مىخواند ؛ اگر شما به مردم مسلمان توجه نكنيد ، گليم مذهب ابو حنيفه در بلخاب جمع خواهد شد ؛ بايد هرچه زودتر اقدام گردد تا از تبليغات سوء جلوگيرى شود . حكومت محلى دستور دستگيرى آية اللّه عالم و عدّه‌اى از طلاب را صادر كرد . قبل از رسيدن مأموران به محل ، آن عالم بيدار و چند تن از طلاب مبارز ، بلخاب را به‌سوى باميان و يكه‌ولنگ ترك كردند . پس از چند شبانه روز با زحمت زياد به روستاى كليگان رسيدند . به منزل حاج سيد ميرزا حسين خان وارد شدند و آن مرد متديّن و خدمتگذار زمينهء اقامت آية اللّه عالم و همراهان را آماده ساخت و منزلى را به نام مدرسه در اختيار ايشان گذاشت و آن عالم بزرگ در آن مدرسه مشغول تدريس گرديد .